Sequençage du genome entier WGS – contamination pathogene


L’agroalimentaire rencontre en permanence des nouveaux défis en matière de sécurité alimentaire. L’interconnexion des acteurs d’une filière, la diversification des conditionnements ou encore l’optimisation des procédés de transformation des aliments sont autant de raisons de surveiller de très près les sources et les flux de contamination par les microorganismes pathogènes.

Salmonella : le premier responsable de TIAC

En 2018, Salmonella a été à l’origine d’un foyer épidémique alimentaire européen sur trois. En France plus spécifiquement, elle est le premier agent pathogène confirmé dans les foyers de toxi-infections alimentaires collectives (TIAC), avec 139 TIAC en 2019 (36% des TIAC à agent confirmé sur cette année).

Concernant les symptômes, la salmonellose se manifeste initialement par une gastro-entérite, parfois par des fièvres entériques. Chez les nourrissons, les enfants en bas-âge ainsi que chez les personnes au système immunitaire affaibli, elle peut devenir très grave, voire mortelle. L’enjeu de sa détection pour la santé des consommateurs est alors primordial, et nous vous accompagnons dans cette démarche.

L’enjeu de comprendre et d’expliquer la contamination

Les  autocontrôles de l’environnement de production, des matières premières, produits intermédiaires ou encore des produits finis, peuvent parfois confirmer la présence de Salmonella. Cette contamination peut évidemment être ponctuelle ou persistante, très localisée ou bien largement dispersée dans les outils de production.

Etablir très finement une cartographie spatiale et temporelle de diffusion des souches de Salmonella permet d’identifier précisément la source et les flux de contamination de la matière première au produit fini, via les différentes opérations unitaires de transformation et leurs environnements. Selon la nature de la contamination, les actions de nettoyage et de désinfection pourront être très ciblées et donc efficaces, les traitements d’assainissement des aliments amplifiées, les sources d’approvisionnements des matières premières mieux sélectionnées, etc.

Le séquençage de génome complet WGS (Whole Genome Sequencing)

Le sérotypage traditionnel selon le schéma de White Kaufmann le Minor permet de dresser une cartographie approximative lors d’un évènement de contamination. En s’appuyant uniquement sur les formulations antigéniques, cette approche de typage ne permet de classer la majorité des Salmonella détectée dans l’alimentation humaine que dans moins d’une dizaine de serovars différents (Dublin, Derby, Infantis, Typhimurim, Enteritidis et Livingston). Cette caractérisation uniquement par la formulation antigénique cache en réalité une très grande diversité de souches de Salmonella au sein d’un même sérovar. Il n’est donc pas rare que deux souches de Salmonella regroupées sous le même sérovars soient très différentes d’un point de vue génétique, ceci limitant ainsi la compréhension précise du schéma de contamination.

Pour augmenter très significativement la résolution de la cartographie, Eurofins lance le « NGS-WGS Tracking Salmonella ». Basée sur la dernière génération de séquenceur NGS, notre solution permet d’établir la connexité absolue entre plusieurs autocontrôles Salmonella non-conformes. La relation entre les isolats est estimée par le nombre de mutations génétiques ponctuelles (Single Nucleotide Polymorphism – SNP) observées sur la totalité des génomes, c’est-à-dire par l’analyse de plus de cinq millions de paires de bases. Il devient ainsi possible d’introduire la notion de clones, de clusters, de lignées ou encore d’orphelins parmi les isolats soumis à l’étude.

Que ce soit dans une démarche proactive, avec l’analyse systématique des autocontrôles non-conformes ou bien ponctuellement en cas de crise lors d’une contamination d’un lot de produits finis, les laboratoires experts de microbiologie d’Eurofins France vous proposent le NGS-WGS Tracking Salmonellaune méthode à la pointe de la technologie offrant un :

  • Séquençage et comparaison intégrale des génomes
  • Restitution des résultat en 7 jours ou moins
  • Gestion pérenne et sécurisée de l’historique
  • Service réalisé entièrement dans les laboratoires Eurofins
  • Rapport de synthèse complet, clair et explicatif

Une équipe mixte d’experts en microbiologie, en biologie moléculaire et en génétique sera à vos côtés pour vous accompagner de l’échantillonnage à l’interprétation des résultats.

Les + de notre réseau Eurofins

  • Conseil et expertise de nos spécialistes en microbiologie des aliments pour un accompagnement personnalisé
  • Réalisation de Challenge test pour déterminer si un produit est susceptible de permettre ou non le développement d’une bactérie pathogène
  • Conservation possible des souches en BioBanque à -80°C